「マージ」から1年。
かつては終わりのない海に浮かぶ孤島だったニンジャゴー島。遠く離れた神秘の世界や伝説の世界と島をつなぐのは、魔法だけだった。「マージ」によってそれがすっかり変わってしまった。この不可思議な出来事によって世界が結合し、ニンジャゴー島は、冒険、パワー、謎に満ちた陸地となった。そして…そこには多くのドラゴンがいる。ところが、邪悪な力がドラゴンのパワーを使って、この新しい世界を破壊しようとしている。ニンジャたちは世界を救うことができるのか?!しかし！
「マージ」のときにニンジャたちはその姿を消してしまった。…と思われたが果たして?!